Pada awal berdirinya SKB Kota Yogyakarta bernama SKB Gondokusuman yang terletak di Jalan Gayam 9-a (kini berubah menjadi jalan Bung Tardjo No. 9-A) kecamatan Gondokusuman, Kota Yogyakarta. Berdiri berdasarkan Surat Keputusan Mendikbud no. 098/O/1998, namun karena pada waktu itu belum memiliki tenaga fungsional Pamong Belajar dan kantor tetap, maka SKB Gondokusuman belum dapat beroperasi. Baru pada tanggal 1 April 1999 SKB dapat beroperasi dan menjalankan kegiatan pendidikan luar sekolah dengan 1 Kepala, 4 tenaga fungsional Pamong Belajar dan 5 staff dengan status sebagai UPT Pusat dibawah Direktorat Jenderal Pendidikan Luar Sekolah, Pemuda dan Olahraga (Diklusepora) Departemen Pendidikan dan Kebudayaan RI. SKB Gondokusuman berubah nama menjadi UPTD SKB Kota Yogyakarta berdasarkan Perda No. 22 Tahun 2000 Pemerintah Kota Yogyakarta tertanggal 22 Desember 2000.  Selanjutnya sejak era otonomi daerah tahun 2003, UPTD SKB diserahkan oleh pemerintah pusat kepada Pemerintah Daerah Kota Yogyakarta dan berubah menjadi UPT SKB Kota Yogyakarta dibawah naungan Dinas Pendidikan Kota Yogyakarta. Pada Tahun 2008 melalui Peraturan Walikota Yogyakarta N0. 72 tahun 2008 tentang pembentukan, Susunan, kedudukan dan Rincian Tugas Unit Pelaksana Teknis Pada Dinas Pendidikan Kota Yogyakarta, SKB mengalami perubahan tupoksi hanya mencakup bidang pendidikan nonformal dan informal, menghilangkan aspek/bidang pemuda dan olahraga. Kemudian berdasarkan peraturan menteri pendidikan dan kebudayaan RI No. 4 tahun 2016 tentang alih fungsi Sanggar Kegiatan Belajar menjadi Satuan Pendidikan Nonformal Sejenis, diperkuat dengan Peraturan Walikota Yogyakarta No. 30 tahun 2016 tentang Perubahan kedua atas peraturan Walikota No. 72 tahun 2008 tentang pembentukan, Susunan, kedudukan dan Rincian Tugas Unit Pelaksana Teknis Pada Dinas Pendidikan Kota Yogyakarta, UPT SKB Kota Yogyakarta berubah menjadi UPT Satuan Pendidikan Nonformal Sanggar Kegiatan Belajar Kota Yogyakarta.  Saat ini UPT SPNF SKB Kota Yogyakarta menempati lahan seluas 1.040 m2 dengan dua buah gedung sebagai ruang kantor 95 m2, ruang belajar 341,13 m2, dan gudang 22,10 m2 yang berlokasi di jalan Bung Tardjo No. 9-a Yogyakarta (Unit I). Mulai tahun 2007 SKB Kota Yogyakarta memiliki gedung baru (Unit II) pada lahan seluas 1.187 m2, sebanyak 4 buah gedung masing-masing 3 ruang (2 buah), 2 ruang (2 buah), total 10 ruang kelas yang berfungsi sebagai ruang belajar, 1 ruang gudang, 2 unit kamar mandi, 1 ruang musholla, dan 1 pos satpam. Gedung Unit II terletak di Jl. Batikan 677-b Umbulharjo Yogyakarta.